شورای کتاب کودک پس از مطالعۀ اولیه با گروهی از متخصصان به مدخل گزینی پرداخت و بیش از ۵۵۰۰ مدخل را در همۀ رشته‌های دانش و هنر برای کار پیش رو نهاد. سپس روش کار، شکل ارائۀ فرهنگنامه، منابع و مراجع، زبان روان متناسب با کودکان و نوجوانان، تعداد و حد و اندازۀ انواع مقاله‌ها، زمانبندی و خلاصه همۀ ویژگی‌های چاپ و صحافی را تعیین کرد و به تهیۀ مقاله‌ها پرداخت و در سال ۱۳۷۱ نخستین جلد فرهنگنامه را به‌چاپ رساند. از آن زمان تدوین جلدها پشت سر هم ادامه دارد.
فرهنگنامۀ کودکان و نوجوانان اکنون با ۲۰۰ تا ۲۵۰ نفر داوطلب که به‌طور مستقیم در پدید آوردن اثر فعالیت دارند و نیز گروهی بزرگ که پشتیبان و حامی آن هستند تألیف می شود. به همت شرکت تهیه و نشر فرهنگنامه به‌دست فرزندان این سرزمین می‌رسد.
ساختار فرهنگنامه را می‌توان این طور تعریف کرد: فرهنگنامه زیر نظر هیئت مدیرۀ شورای کتاب کودک است. خانم نوش‌آفرین انصاری دبیر شورا و خانم توران میرهادی (تا سال ۱۳۹۳) دبیر اجرایی فرهنگنامه بودند. اکنون شورای مدیریت زیر نظر هیئت مدیره به فعالیت ادامه می دهد. تصمیم‌گیری کلی و برنامه‌ریزی برای اجرای مراحل تألیف فرهنگنامه به‌عهدۀ این شوراست. البته مسائل مالی و اداری به‌تصویب هیئت مدیره نیاز دارد. سیاست‌های کلی در آنجا مشخص و تصویب می شود، اما بیشتر مسائل اجرا زیر نظر شورای مدیریت است که براساس مشورت و خرد جمعی عمل می کند.
اعضای هیئت مدیرۀ شورای کتاب کودک از طریق انتخابات در مجمع عمومی و اعضای شورای مدیریت از طریق پیشنهاد و براساس شناخت و سابقۀ فعالیت گروهی آنها برگزیده می‌شوند.
گروه‌های تخصصی که مقاله‌های فرهنگنامۀ کودکان و نوجوانان را می نویسند، درواقع اصلی‌ترین بخش سازمان فرهنگنامه (بدنۀ فرهنگنامه) هستند. مقاله‌های فرهنگنامه در این گروه نوشته و ویرایش محتوایی می‌شوند. اساس کار این بخش گروهی و مشارکتی است، یعنی مقاله‌های فرهنگنامه در گروه تخصصی و با مشورت، اظهار نظر و پیشنهادهای اعضای گروه نهایی می‌شوند و گروه ویرایش تخصصی آنها را ویرایش می‌کنند.
مقاله‌های نویسندگان با کار مکرر ویراستاران در مراحل گوناگون تکمیل و با کار گروه تصویر مصور می‌شود. با کار بخش‌های تایپ، نمونه‌خوانی، نسخه‌پردازی، بازبینی و مشاوره‌های علمی و فنی شکل می‌گیرد و بالاخره با کار ارزشمند ویراستاران نهایی به مرحله پایانی می‌رسد. در دائرة‌المعارف‌ها تألیف کاری مشارکتی است و در فرهنگنامۀ کودکان و نوجوانان این مشارکت بسیار بالاست. کار گروه های تخصصی گروهی و مشارکتی است. مقاله‌ها به‌صورت فردی نوشته می‌شود، اما در گروه تخصصی بارها خوانده و براساس اظهار نظر اعضای گروه چک و اصلاح می شود و به کمک آنها کامل و به مراحل بعدی یعنی به مرحلۀ مشاوره‌ها و ویرایش، فرستاده می‌شود.
مشاوره‌های تخصصی کار افراد متخصص است. در میان مشاوره‌ها، مشاوره‌های علمی اهمیتی خاص دارد. مثلاً بازبینی‌های آقای مهندس علی پازوکی و دقت کم نظیرشان از همان نخستین جلدها به‌درستی کارمان افزوده بود. درمجموع مشاوران ما می کوشند اعتبار علمی کتاب را در حد عالی نگه دارند.
اساس ویرایش در فرهنگنامه گروهی است. ویرایش تخصصی، ساختاری، محتوایی و زبان و بیان و تطابق با شیوه‌نامه در گروه‌های دو تا چهارنفره انجام می‌شود.
گروه تصویر هم در فعالیتی گروهی، بخش مهم مربوط به تصاویر مقاله‌ها شامل تصویر، نقشه، نمودار و جدول را پیش می‌برد. تصویرگذاری مقاله‌ها با پیشنهاد تصویر، اول از طرف نویسنده و گروه تخصصی صورت می‌گیرد و ارزیابی فنی، انتخاب و کار روی تصاویر و آماده‌سازی‌ها و گاه تهیۀ زیرنویس‌ها در گروه تصویر انجام می‌شود. تصاویر فرهنگنامه حدود یک سوم حجم کتاب را شامل می‌شود. آرشیو تصویر با حدود سی هزار رکورد جواب بخشی از نیازهای تصویر را می‌دهد و بخش باقی ماندۀ تصاویر با جستجوی فراوان و کمک گرفتن از عکاسان، متخصصان و مجموعه‌داران تهیه می شود. این نوعی مشارکت با سازمانهای خارج از فرهنگنامه است.
گروه دبیرخانه و تایپ هم در تمام مراحل کار شکل‌گیری مقاله‌ها فعال‌اند و بخشی از سازمان فرهنگنامه هستند. همچنین روابط عمومی، کتابخانۀ مرجع، سایت و اطلاع‌رسانی و انتشارات در سازمان فرهنگنامه اهمیت دارد.
هماهنگی جلدها از بخش‌های مهم سازمان فرهنگنامه است. این نقش در بیست سال گذشته تکثیر شده است. زمانی که سرپرستی جلد چهارم با خانم میرهادی* بود، سرپرستی جلد پنجم به سرپرستی دیگر سپرده شد. به‌این‌ترتیب، کار روی دو جلد به‌صورت موازی شروع شد. بعدها سه جلد و اکنون چهار جلد به‌صورت موازی در حال تهیه است. در حال حاضر، چهار گروه هماهنگ‌کننده داریم بنابراین حداقل دوازده نفر در بخش هماهنگ‌کنندگی جلدها مشغول سامان دادن کار هستند. وظیفۀ این گروه نظم دادن به کارها و آسان کردن و پیش بردن مراحل تألیف، کنترل‌های مختلف از نظر زمان بندی، تطابق مقاله‌ها با همۀ معیارهای تعریف شده و پیش بردن و ویرایش ها و گاهی مشارکت در ویرایش و تهیۀ تصاویر است. چهار جلد در دست کار براساس نیاز، جلسات مشترک دارند، به تبادل تجربه می‌پردازند و روش‌ها را هماهنگ و به یکدیگر کمک می‌کنند. در این بخش سازمان هم بیش از بیست سال است که نقش‌های مؤثر تکثیر می‌شوند، همۀ دانش و تجربه‌ها به گروه‌های جدید منتقل می‌شود و هر گروه که جلد خود را به مرحلۀ چاپ رساند، به کمک گروه بعدی می‌رود و در پیش بردن کار جلد بعدی مشارکت می‌کند.