شورای کتاب کودک پس از مطالعه اولیه با گروهی از متخصصان به مدخل گزینی پرداخت و بیش از ۵۵۰۰ مدخل را در همه رشته های دانش و هنر برای کار پیش رو نهاد. سپس روش کار، شکل ارائه فرهنگنامه، منابع و مراجع، زبان روان  متناسب با کودکان و نوجوانان، تعداد و حد و اندازه انواع مقاله ها، زمانبندی و خلاصه همه ویژگی های چاپ و صحافی را تعیین کرد و به تهیه مقاله ها پرداخت و در سال ۱۳۷۱ نخستین جلد فرهنگنامه را به چاپ رساند. از آن زمان تدوین جلدها پشت سر هم ادامه دارد.

فرهنگنامه کودکان و نوجوانان اکنون با ۲۰۰ تا ۲۵۰ نفر داوطلب که به طور مستقیم در پدید آوردن اثر فعالیت دارند و نیز گروهی بزرگ که پشتیبان و حامی آن هستند تألیف می شود. به همت شرکت تهیه و نشر فرهنگنامه به دست فرزندان این سرزمین می رسد.

ساختار فرهنگنامه را می توان این طور تعریف کرد: فرهنگنامه زیر نظر هیئت مدیره شورای کتاب کودک است. خانم نوش آفرین انصاری دبیر شورا و خانم توران میرهادی (تا سال ۱۳۹۳) دبیر اجرایی فرهنگنامه بودند. اکنون شورای مدیریت زیر نظر هیئت مدیره به فعالیت ادامه می دهد. تصمیم گیری کلی و برنامه ریزی برای اجرای مراحل تألیف فرهنگنامه به عهده این شوراست. البته مسائل مالی و اداری به تصویب هیئت مدیره نیاز دارد. سیاست های کلی در آنجا مشخص و تصویب می شود، اما بیشتر مسائل اجرا زیر نظر شورای مدیریت است که براساس مشورت و خرد جمعی عمل می کند.

اعضای هیئت مدیره شورای کتاب مودک از طریق انتخابات در مجمع عمومی و اعضای شورای مدیریت از طریق پیشنهاد و براساس شناخت و سابقه فعالیت گروهی آنها برگزیده می شوند.

گروه های تخصصی که مقاله های فرهنگنامه کودکان و نوجوانان را می نویسند، درواقع اصلی ترین بخش سازمان فرهنگنامه (بدنه فرهنگنامه) هستند. مقاله های فرهنگنامه در این گروه نوشته و ویرایش محتوایی می شوند. اساس کار این بخش گروهی و مشارکتی است، یعنی مقاله های فرهنگنامه در گروه تخصصی و با مشورت، اظهار نظر و پیشنهادهای اعضای گروه نهایی می شوند و گروه ویرایش تخصصی آنها را ویرایش می کنند.

مقاله های نویسندگان با کار مکرر ویراستاران در مراحل گوناگون تکمیل و با کار گروه تصویر مصور می شود. با کار بخش های تایپ، نمونه خوانی، نسخه پردازی، بازبینی و مشاوره های علمی و فنی شکل می گیرد و بالاخره با کار ارزشمند ویراستاران نهایی به مرحله پایانی می رسد. در دایرة المعارف ها تألیف کاری مشارکتی است و در فرهنگنامه کودکان و نوجوانان این مشارکت بسیار بالاست. کار گروه های تخصصی گروهی و مشارکتی است. مقاله ها به صورت فردی نوشته می شود، اما در گروه تخصی بارها خوانده و براساس اظهار نظر اعضای گروه چک و اصلاح می شود و به کمک آنها کامل و به مراحل بعدی یعنی به مرحله مشاوره ها و ویرایش، فرستاده می شود.

مشاوره های تخصصی کار افراد متخصص است. در میان مشاوره ها، مشاوره های علمی اهمیتی خاص دارد. مثلا بازبینی های آقای مهندس علی پازوکی و دقت کم نظیرشان از همان نخستین جلدها به درستی کارمان افزوده بود. درمجموع مشاوران ما می کوشند اعتبار علمی کتاب را در حد عالی نگه دارند.

اساس ویرایش در فرهنگنامه گروهی است. ویرایش تخصصی، ساختاری، محتوایی و زبان و بیان و تطابق با شیوه نامه در گروه های دو تا چهارنفره انجام می شود.

گروه تصویر هم در فعالیتی گروهی، بخش مهم مربوط به تصاویر مقاله ها شامل تصویر، نقشه، نمودار و جدول را پیش می برد. تصویرگذاری مقاله ها با پیشنهاد تصویر، اول از طرف نویسنده و گروه تخصصی صورت می گیرد و ارزیابی فنی، انتخاب و کار روی تصاویر و آماده سازی ها و گاه تهیه زیرنویس ها در گروه تصویر انجام می شود. تصاویر فرهنگنامه حدود یک سوم حجم کتاب را شامل می شود. آرشیو تصویر با حدود سی هزار رکورد جواب بخشی از نیازهای تصویر را می دهد و بخش باقی مانده تصاویر با جستجوی فراوان و کمک گرفتن از عکاسان و متخصصان و مجموعه داران تهیه می شود. این نوعی مشارکت با سازمانهای خارج از فرهنگنامه است.

گروه دبیرخانه و تایپ هم در تمام مراحل کار شکل گیری مقاله ها فعال اند و بخشی از سازمان فرهنگنامه هستند. همچنین روابط عمومی، کتابخانه مرجع، سایت و اطلاع رسانی و انتشارات در سازمان فرهنگنامه اهمیت دارد.

هماهنگی جلدها از بخش های مهم سازمان فرهنگنامه است. این نقش در بیست سال گذشته تکثیر شده است. زمانی که سرپرستی جلد چهارم با خانم میرهادی* بود، سرپرستی جلد پنجم به سرپرستی دیگر سپرده شد. به این ترتیب کار روی دو جلد به صورت موازی شروع شد. بعدها سه جلد و اکنون چهار جلد به صورت موازی در حال تهیه است. در حال حاضر، چهار گروه هماهنگ کننده داریم بنابراین حداقل دوازده نفر در بخش هماهنگ کنندگی جلدها مشغول سامان دادن کار هستند. وظیفه این گروه نظم دادن به کارها و آسان کردن و پیش بردن مراحل تألیف، کنترل های مختلف از نظر زمان بندی، تطابق مقاله ها با همه معیارهای تعریف شده و پیش بردن و ویرایش ها و گاهی مشارکت در ویرایش و تهیه تصاویر است. چهار جلد در دست کار براساس نیاز، جلسات مشترک دارند، به تبادل تجربه می پردازند و روش ها را هماهنگ و به یکدیگر کمک می کنند. در این بخش سازمان هم بیش از بیست سال است که نقش های مؤثر تکثیر می شوند، همه دانش و تجربه ها به گروه های جدید منتقل می شود و هر گروه که جلد خود را به مرحله چاپ رساند، به کمک گروه بعدی می رود و در پیش بردن کار جلد بعدی مشارکت می کند.